「遺伝子組換え作物が混入しないように管理されたもの」とは、JAS法及び食品衛生法で定められている「分別生産流通管理」というものです。
これは、外国の農場から日本の食品製造業者まで、生産流通の各段階で混入が起こらないように管理し、そのことが書類により証明されている原料という意味です。
このような厳格な管理を実施しても、産地のサイロ、輸送中の倉庫、コンテナ、トラックなどの段階で意図せずに遺伝子組み換え作物が混入する可能性は否定出来ず、清掃がきちんと行われても遺伝子組み換え作物の残留の可能性があるため、制度上、5%以下の「意図せざる混入」が認められています。